U odnosu vlasti županija i Federacije BiH zrcale se i hrvatsko-bošnjački odnosi stalnih pokušaja da se ovaj entitet unitarizira s jedne strane i sve nadležnosti presele u Sarajevo, dok s druge strane nema jasnog odgovora od hrvatskih stranaka osim tek stalne žalopojke kako se udara na nadležnosti ove razine vlasti.
Županija ili kanton
Otkako je utemeljena hrvatsko-bošnjačka Federacija BiH, stalne su tendencije da se oslabi utjecaj županija pa su čak i hrvatske ustavotvorce s prvih zasjedanja nakon potpisivanja Washingtonskog sporazuma federalni partneri 'preveslali' čak i s prijevodom pa je u Ustavu sačuvana samo inačica kanton, a li ne i županija. Federalni Ustav koji je usuglašen na mirovnim pregovorima pod američkim nadzorom u Washingtonu 1994. godine praktično je predvidio što su to isključive, a što podijeljene nadležnosti županija, odnosno Federacije BiH. Županijama su pri tome pripale sve ovlasti koje izričito nisu dodijeljene federalnoj vlasti, što se u međuvremenu snažno deformiralo. Čak i isključive nadležnosti županija preselile su na federalnu razinu uz objašnjenje 'viših interesa'. A viši interesi ticali su se provedbe projekta stvaranja bošnjačkog entiteta s dominacijom brojnijeg naroda jer se kroz županije takvo što teško može realizirati.
Nadležnosti županija
Tako županije imaju isključive nadležnosti za uspostavu i nadzor snaga policije koje nose jedinstvene federalne odore sa županijskim oznakama, stvaranje obrazovne politike, stvaranje i provedbu kulturne politike, donošenje stambene politike, uključujući donošenje propisa o uređivanju i izgradnji stambenih objekata. Na županijama, odnosno općinama je i donošenje propisa o korištenju lokalnog zemljišta, uključujući zoniranje te donošenje propisa o lokalnim poslovnim i karitativnim djelatnostima i njihovo unapređivanje. Bez županija nije moguće ni donošenje propisa o lokalnim energetskim postrojenjima i osiguranje njihove dostupnosti, stvaranje politike glede radio i TV postaja i osiguranja njihova rada, provedba socijalne politike i zaštite, kao i provedba politike županijskog turizma i razvoja turističkih resursa. Ne postoji nijedna od ovih isključivih nadležnosti koje već nisu nagrižene odlukama federalnih vlasti koje su, čak i kada su tamo sjedili legitimni predstavnici Hrvata, nisu skrivali ambicije pretvaranja ovoga entiteta u preslik Republike Srpske kao države jednoga naroda. Sve podijeljene nadležnosti već su odavno postavljene kao federalne. Čak i unatoč činjenici što je Ustavni sud osporio postojanje Federalnih ministarstava obrazovanja te turizma, one su nastavile postojati i trošiti novac županija i poreznih obveznika.
