Hrvatska zajednica Herceg-Bosna, kao politička, kulturna, ekonomska i teritorijalna organizacija hrvatskog naroda u Bosni i Hercegovini utemeljena je 18. studenoga 1991. Osnovana je od strane političkog vrha Hrvata u BiH (HDZ BiH), kao odgovor srpskoj agresiji na BiH i Hrvate u toj zemlji. HZ H-B 28. kolovoza 1993. prerasta u Hrvatsku Republiku Herceg-Bosnu, kao hrvatsku upravnu jedinicu u sklopu BiH. HR H-B kao politička i teritorijalna cjelina je ukinuta potpisivanjem Washingtonskog sporazuma, 18. ožujka 1994. HZ, a poslije HR H-B nikada nije donijela ustav o raskidu odnosa s BiH. Nije donijela čak ni svoj statut, a u svim je aspektima poštivala suverenitet BiH.
U ratu u Bosni i Hercegovini, Hrvati su zahvaljujući svojem samoorganiziranju putem Hrvatske zajednice, a poslije Hrvatske Republike Herceg-Bosne i njezinih oružanih snaga Hrvatskog vijeća obrane izborili svoj opstanak u Bosni i Hercegovini. Hrvatski narod u Bosni i Hercegovini prvi se organizirao politički i vojno protiv srpskog agresora. Ta njegova organizacija bila je temeljem nastojanja da se održi kao konstitutivan i suveren narod u Bosni i Hercegovini. U redovima hrvatskih vojnih postrojbi početkom rata u Bosni i Hercegovini s Hrvatima su se borili i Bošnjaci.
Hrvatske obrambene snage osnivaju se 3. prosinca 1991., a Hrvatsko vijeće obrane formira se 8. travnja 1992. godine, kao vrhovno tijelo obrane hrvatskog naroda u BiH i zaštite drugih naroda u toj zemlji od bilo kojeg agresora. Hrvatska zajednica Herceg-Bosna utemeljena je 18. studenog 1991. godine, što je bilo u skladu s tadašnjim ustavnim rješenjima o osnivanju zajednica općina. U osnivačkim aktima Hrvatske zajednice Herceg-Bosne i Hrvatskog vijeća obrane nema separatističkih tendencija. Oružane postrojbe hrvatskog naroda (HVO) tako su se borile za opstojnost kako hrvatskog tako i bošnjačkog naroda tijekom srpske agresije na Bosnu i Hercegovinu.
HVO je od velikosrpske agresije obranio zapadnu i središnju Hercegovinu te velik dio srednje Bosne (sve osim Jajca). Jedini veći gubitak, za Hrvate, bio je pad većine Bosanske Posavine (nije palo samo Orašje) jer je ta povijesna i zemljopisna mikroregija bila jedno od najbogatijih područja u BiH. Na tom području, Hrvati su bili većina i prema popisu stanovništva iz 1991. godine bilo ih je 131.542.
Krajem listopada 1992. godine izbija Bošnjačko-hrvatski sukob, u kojem Bošnjaci otvoreno napadaju svoje dojučerašnje saveznike Hrvate. Bošnjačka vojska u četiri ofenzive zauzela je velik dio prostora koji su bili pod kontrolom Hrvatskog vijeća obrane, gotovo cijelu sjevernu i srednju Bosnu (osim Novog Travnika, Viteza, Busovače, Kiseljaka, Kreševa, Žepča i šireg područja oko tih gradova, Usore, dijela travničke općine, dijela zavidovićke općine, i dijela vareške općine) i dio Hercegovine: Konjic, Jablanicu te istočne i sjeverne dijelove mostarske općine.
Dana 28. kolovoza 1993. godine, Predsjedništvo Hrvatske zajednice Herceg-Bosne i zastupnici hrvatskog naroda u Vijeću općina Skupštine Republike Bosne i Hercegovine donose Odluku o konstituiranju Zastupničkog doma Hrvatske Republike Herceg-Bosne kao najvišeg predstavničkog tijela i nositelja zakonodavne vlasti u HZ Herceg-Bosni, što znači da Hrvatska zajednica Herceg-Bosna prerasta u Hrvatsku Republiku Herceg-Bosnu.
Odluka polazi od neotuđivosti, nedjeljivosti i neprenosivosti prava hrvatskog naroda u Bosni i Hercegovini kao jednog od tri konstitutivna naroda. Odluka o transformaciji Hrvatske zajednice Herceg-Bosne u Hrvatsku Republiku Herceg-Bosnu bila je u potpunosti pravno utemeljena na Owen-Stoltenbergom planu koji je predviđao uniju republika u Bosni i Hercegovini, no zbog činjenice da u to vrijeme plan još nije stupio na snagu, on se eksplicitno ne spominje u preambuli.
Bošnjačko-hrvatski sukob je eskalirao tijekom 1993. godine, a slabi početkom 1994. godine, kada političko-diplomatski pregovori između dvije zaraćene strane postaju sve jači i značajniji. U ožujku 1994. godine, u Washingtonu je potpisano primirje između Hrvata i Bošnjaka, a njihovi teritoriji su ujedinjeni u Federaciju BiH.
Nakon potpisivanja Washingtonskog sporazuma HVO je zajedno sa Hrvatskom vojskom, a u nekim akcijama i sa Armijom Republike Bosne i Hercegovine počeo nizati ratne pobjede protiv srpskog neprijatelja. U 7 uspješnih pobjedničkih operacija, HVO zajedno sa HV-om, a u nekim akcijama i sa Armijom BiH je oslobodio čitavu zapadnu Bosnu. Kruna uspješnih operacija je bila operacija Južni potez u kojoj su združene hrvatske snage izbile na 23 kilometra od Banja Luke, što je bilo u dosegu hrvatskog dalekometnog topništva. Srpske snage su razbijene i u kaosu se povlače prema Banjoj Luci, a zajedno sa njima i nova kolona srpskih izbjeglica. Akcija Južni potez, prekinuta je na zahtjev međunarodne zajednice 15. listopada 1995. godine.
Uspješne vojne operacije Hrvata, ali i intervencija NATO-a operacijom Namjerna sila natjerali su Srbe da sjednu za pregovarački stol. Daytonskim mirovnim sporazumom završio je rat u Bosni i Hercegovini. Jedan od najosnovnijih principa na kojima je Daytonski sporazum bio zasnovan je bila podjela Bosne i Hercegovine po ključu 51-49 (51% teritorija BiH Federaciji BiH i 49% Republici Srpskoj) koji je usaglasila tzv. kontakt grupa. Daytonski sporazum je djelovao da usaglasi dogovor o problematičnim pitanjima neke od kojih su bile: pravne, državne i teritorijalne nagodbe.
Daytonski sporazum je efektivno završio rat, ali je ostavio mnoge stvari nerješene. Pored toga konačni dogovor ostvaren u Daytonu danas se smatra jednim od najkontraverznijih političkih rješenja proizašlih iz cjelokupne Jugoslavenske krize. Prema podacima koje je objavio Istraživačko-dokumentacijski centar iz Sarajeva, u Bosni i Hercegovini je tijekom rata poginulo ili nestalo 7.762 Hrvata. Sa područja pod kontrolom Armije Republike Bosne i Hercegovine protjerano je 150.000 Hrvata, a sa područja pod kontrolom Vojske Republike Srpske 200.000 Hrvata.
Od 28. kolovoza 1993. godine, utemeljena je i Vlada Hrvatske Republike Herceg-Bosne, koju je činilo 15 ministarstava s ovlastima prostora pod kontrolom HVO-a:
Jadranko Prlić - predsjednik Vlade
Jozo Marić - ministar prosvjete, znanosti, kulture i športa
Krešimir Zubak - ministar pravosuđa i uprave
Jozo Martinović - potpredsjednik Vlade i ministar financija
Ivan Čuljak - potpredsjednik Vlade
Valentin Ćorić - ministar unutarnjih poslova
Perica Jukić - potpredsjednik Vlade i ministar obrane
Zulfo Robović - ministar obnove i razvitka
Ilija Kožulj - ministar prometa i veza
Ivan Bagarić - ministar zdravstva
Ilija Žuljević - ministar rada, socijalne skrbi i obitelji
Mile Akmadžić - ministar za međurepubličku suradnju i međunarodne odnose
Vladimir Šoljić - ministar energetike, industrije i rudarstva
Ilija Krezo - ministar trgovine, turizma i poduzetništva
Marko Božanović - ministar poljoprivrede, šumarstva i vodoprivrede
Dana 9. ožujka 1996. Zastupnički dom Hrvatske Republike Herceg-Bosne donosi odluku o postupnom prijenosa funkcije civilne vlasti Hrvatske Republike Herceg-Bosne na tijela vlasti Federacije Bosne i Hercegovine. Održavaju se utemeljiteljske skupštine županija u Federaciji BiH. U svibnju 1996. godine, na sjednici Predsjedničkog vijeća reorganizirana je Vlada Hrvatske Republike Herceg-Bosne u prijelaznom razdoblju, te ju je činila šest ministarstva. Hrvatska Republika Herceg-Bosna formalno je ukinuta 14. kolovoza 1996. godine.
