Uspostavom parlamentarne demokracije u Bosni i Hercegovini 1990., u našoj zemlji se počinju osnivati političke stranke, među njima i HSP. Nakon što se i u Bosni i Hercegovini počeo ponavljati scenarij srpske pobune kako se već dogodilo u Hrvatskoj, HSP počinje osnivati jedinice HOS-a i u BiH.
Zapovjedništvo Ratnog stožera HOS-a za Hercegovinu je utemeljeno 18. prosinca 1991. dok je sam Stožer službeno osnovan 03. siječnja 1992. u Ljubuškom. No prva jedinica HOS-a u Bosni i Hercegovini je osnovana već krajem listopada 1991. u Ljubuškom. Ratni stožer HOS-a za Bosnu nalazio se u Zenici.
Već na početku rata, HOS-ovci su djelovali na najkritičnijim točkama svih bojišta, od Sarajeva, preko zapadne Hercegovine do Bosanske Posavine.
HOS je odigrao važnu ulogu u oslobađanju Mostara, Čapljine, Neuma i Stoca. Cilj HOS-a bio je zajednička borba Hrvata i Muslimana protiv srpskih snaga.
Zbog toga se "natjecao" s jedinicama Hrvatskog vijeća obrane (HVO) za utjecaj među bosanskohercegovačkim Hrvatima.
Potkraj srpnja 1992. u Čapljini je samo u jednom danu 700 vojnika HVO-a (bojna "Sokol") prešlo u HOS, a slično se događalo i u Tomislavgradu, Livnu i Mostaru.
HOS u BiH je do svog raspada bio mješovitog sastava, činili su ga Hrvati, a bilo je do 40% muslimana.
Po službenim dokumentima HOS-a, u HOS-u BiH je bilo 5134 vojnika. Službeno se nalazio pod vrhovnim zapovjedništvom Predsjedništva BiH i činio sastavni dio Armije BiH ali je na bojištima djelovao samostalno tj. i dalje slušao naredbe čelništva HSP-a iz Zagreba. Neki HOS-ovci u BiH su pored oznaka HOS-a, na odorama nosili i oznake Armije BiH. No, dok je HOS u Hrvatskoj bio donekle ovisan o Hrvatskoj vojsci i suradnji sa vlastima Republike Hrvatske, HOS u BiH je bio u potpunosti samostalan. Nisu primali naređenja od HVO-a, koji je imao potporu vlasti Republike Hrvatske, i djelovali su poput prave državne vojske.
Hrvatska zastava koja je isticana pred vojarnama HOS-a nosila je na grbu prvo bijelo polje. Zastava BiH isticana je u vojarnama HOS-a sve do raspada HOS-a u BiH, nakon ubojstva Blaža Kraljevića.
HOS u srednjoj Bosni je djelovao u Zenici, Novom Travniku, Visokom, Kaknju, Vitezu, Konjicu, Jablanici i Fojnici a vodio je borbe sa srpskim paravojnim snagama oko Jajca i Travnika. Zapovjednik srednjobosanskog HOS-a je bio bojnik Darko Kraljević, sa sjedištem u Vitezu.
Jedinice HOS-a u istočnoj Bosni (Foča i Goražde) osnovao je Alija Šiljak.
Na bojištu kod Domaljevca u Bosanskoj Posavini djelovala je II. bojna "Ante Paradžik" pod zapovjedništvom Stojana Vujnovića "Srbina".
Bosanski Brod branili su HOS-ovci pod zapovjedništvom Ante Prkačina, koji je u lipnju postao načelnik Ratnog stožera HOS-a. 6. lipnja 1992. snage HOS-a Hercegovine započinju akciju kojom su za nekoliko sati oslobođena mjesta Klepci, Tasovčići i Prebilovci u općini Čapljina, što je bio uvod u operaciju Lipanjske zore.
Vojni zapovjednik cjelokupnog HOS-a BiH je bio general-bojnik Blaž Kraljević, koji je 15 dana prije smrti postao član glavnog štaba Armije BiH u Sarajevu. Kraljević je bio hrvatski povratnik iz emigracije i javno je pozivao vojnike HVO-a da se priključe HOS-u te uskrate poslušnost Mati Bobanu, predsjedniku samoproglašene Hrvatske zajednice Herceg-Bosne i povjereniku Franje Tuđmana.
Snage HOS-a Hercegovine pod zapovjedništvom bojnika Stanka Primorca "Ćane" su 7. kolovoza 1992. ušle na područje općine Trebinje, a dva dana kasnije, Blaž Kraljević je na povratku sa sastanka s Matom Bobanom ubijen na punktu HVO-a u Kruševu. Ubojice su pokušali baciti tijela u more kako bi prikrili zločin ali je vozilo sa tijelima otkriveno u Omišu. Za to je ubojstvo Dobroslav Paraga iste godine podnio kaznenu prijavu protiv čelnih ljudi HVO-a. Istraga o ubojstvu nije pokrenuta.
Nakon ubojstva Blaža Kraljevića prijetila je opasnost otvorenog sukoba HVO-a i bosanskohercegovačkog HOS-a tj. hrvatskog građanskog rata u BiH. Zbog toga je u Grudama 10. kolovoza 1992., održan sastanak predstavnika HOS-a i HVO-a. HOS su predstavljali general-bojnik Ante Prkačin (načelnik Ratnog stožera HOS-a), bojnik Stanko Primorac "Ćane" (privremeni zapovjednik HOS-a Hercegovine) i bojnik Krešimir Pavičić "Pava"; dok su HVO predstavljali Vice Vukojević, Mate Boban (predsjednik HZ Herceg-Bosne) i general-bojnik Slobodan Praljak (načelnik Glavnog stožera HVO-a).
Na tom sastanku nije učinjeno ništa radi smirivanja odnosa HOS-a i HVO-a. Vice Vukojević je od predstavnika HOS-a otvoreno tražio da se HOS rasformira u roku od 24 sata a ljudstvo prijeđe u HVO. Nikakav dogovor nije postignut. 23. kolovoza, Ante Prkačin u Grudama održava sastanak sa Matom Bobanom gdje je potpisao dokument kojim je neslužbeno pristao na rasformiranje HOS-a. Prkačin je zbog toga isti dan isključen iz HSP-a.
Početkom rujna, vodstvo HVO-a zahtjeva od Stanka Primorca premještaj najelitnijih jedinica HOS-a iz Hercegovine u Bosansku Posavinu. Tome je udovoljeno i HOS-ovci su ondje većinom izginuli tijekom pada Bosanske Posavine dok se HOS u Hercegovini, bez odlučnog vodstva, ubrzo osuo. Dobroslav Paraga je poslao u Hercegovinu Milu Dedakovića da spriječi osipanje HOS-a ali on to nije uspio nakon čega je napustio HSP.
26. rujna Specijalna policija provaljuje u Starčevićev dom u Zagrebu gdje su pronađene velike količine oružja, streljiva i eksploziva. Iako je iz vrha HSP-a objavljeno da je oružje bilo namjenjeno HOS-u u Bosanskoj Posavini, oružje je zaplijenjeno od strane policije.
9. listopada 1992., po Paraginoj zapovjedi, formirano je jedinstveno zapovjedništvo za sve jedinice HOS-a u BiH, Glavni stožer HOS-a za BiH, na čije je čelo postavljen brigadir Mladen Holman, dotadašnji zapovjednik HOS-a u Zenici. I Glavni stožer HOS-a za BiH smješten je u Zenici. No sve to nije uspjelo zaustaviti osipanje HOS-a.
Većina HOS-ovaca u BiH prešla je u HVO, gdje su u nekim slučajevima činili jezgru postrojbi posebne namjene, dok je manji dio, pretežno Bošnjaka, prešao u Armiju BiH. Neki su HOS-ovci napustili BiH te se vratili u Hrvatsku ili zemlje zapadne Europe. Uskoro započinju brojni incidenti između HVO-a i Armije BiH.
Usprkos brzom osipanju HOS-a, neke njegove postrojbe u BiH su zadržale samostalnost do 1993.
II bojna "Stojan Vujnović Srbin" je opstala u Bosanskoj Posavini do veljače 1993. kada je raspuštena a
I pohodna bojna HOS-a iz Zenice je opstala u sastavu Armije BiH do travnja 1993.
Izbijanjem hrvatsko-muslimanskog sukoba na tom prostoru 16. travnja ta jedinica prelazi u sastav 156. brigade HVO-a pod zapovjedništvom Tihomira Blaškića.
U lipnju 1993. na Vojnom sudu u Zagrebu, Dobroslav Paraga, Anto Đapić, Mile Dedaković i Ante Prkačin optuženi su za stvarenje paravojske (HOS), ugrožavanje ustavnog poretka Republike Hrvatske, planiranje državnog udara, neovlašteno pribavljanje oružja i agitiranje protiv tadašnje vlasti.
Vojni tužitelj bio je Mirsad Bakšić. Protiv Parage, Đapića, Dedakovića i Prkačina svjedočili su Krešimir Pavelić (bivši tajnik HSP-a), Janko Bobetko (general HV-a) i Mate Šarlija Daidža (general HV-a i HVO-a) a optužene je branio Zvonimir Hodak, pravni zastupnik HSP-a. Đapić je optužnicu nazvao političkim skandalom a suđenje je potrajalo mjesec dana i privuklo veliku pažnju hrvatske javnosti.
Na kraju je optužba odbačena, svi su optuženi proglašeni nedužnim, a HOS je rješenjem Vrhovnog suda Republike Hrvatske priznat kao legalni dio Hrvatske vojske.
Izjave poznatih o HOS-u
Janko Bobetko: "Kada sam u čapljinskoj bojni tražio dobrovoljce koji će krenuti sa mnom prema Domanovićima, nitko se nije javio, osim zapovjednika satnije HOS-a, čije je zapovjedno mjesto bilo u Ljubuškom. Pitao sam ga za koje vrijeme može pokrenuti barem vod, ako ne i cijelu satniju. Odgovorio mi je da to može biti za jedan sat. Dao sam suglasnost i on je doista pokrenuo ojačan vod i pratio oklop do spajanja sa satnijom 4. brigade na Gubavici. Poslije je on ušao u sastav Hrvatske vojske i pokazao se kao vrlo hrabar i čestit u svim operacijama u Hercegovini." - o susretu sa HOS-ovcima tijekom operacije Čagalj u lipnju 1992., u knjizi "Sve moje bitke".
Martin Špegelj : "Mnogo puta potkraj 1991. i početkom 1992. susretao sam se s većim ili manjim formacijama HOS-a na samoj bojišnici ili u njenoj blizini, te ne mogu osporiti njihovu borbenu vrijednost, osobito većih sastava i onih što su ih vodili zapovjednici realnih i razumnih nazora… Manje jedinice u crnim odorama nalazio sam u proljeće i ljeto 1992. u Bosanskoj Posavini, ali tada su već sve te formacije nosile službeno znakovlje Republike Hrvatske. Činjenica je da su upravo one ostajale na bojišnici i onda kada je zapovjedano da se postrojbe HV-a i HVO-a povuku sjeverno od Save." - knjiga memoara "Sjećanja vojnika".
Siniša Glavašević: "Da nije bilo HOS-a, Vukovar bi pao već u rujnu mjesecu." (1991.)
Kontroverze oko HOS-a
Neke su jedinice HOS-a nosile crne odore, a neki njihovi pripadnici ustaško znakovlje zbog čega ih je srpska strana redovito nazivala ustašama. Neke su jedinice HOS-a nosile imena po ustaškim časnicima iz drugog svjetskog rata: 13. bojna "Jure vitez Francetić" iz Tomislavgrada i IX bojna "Rafael vitez Boban" iz Splita.
Kratica HOS se rabila od 1944. do 1945. kao službena oznaka Hrvatskih oružanih snaga, tadašnje vojske Nezavisne Države Hrvatske, iako je u slučaju Hrvatskih obrambenih snaga označavala upravo Hrvatske obrambene snage.
Na grbu HOS-a piše "Za dom spremni", slogan koji je poznat po tome što su ga rabile i Ustaše, a i u neslužbenoj himni HOS-a se spominju NDH, Ante Pavelić, te Jure Francetić i Rafael Boban, zapovjednici elitne ustaške jedinice, Crne legije.
Bilo je pokušaja da vojnici HOS-a rabe oznake činova vojske NDH ali se od toga odustalo u korist službenih oznaka činova Hrvatske vojske.
Nakon rata, Dobroslav Paraga je optuživao svog suparnika Antu Đapića da je nagovarao HOS-ovce na nošenje crnih odora i ustaškog znakovlja.
Kao i pripadnici srpskih postrojbi za vrijeme rata 1991./1995., neki su pripadnici HOS-a optuženi za ratne zločine, ali nikada ni jedan vojnik HOS-a nije osuđen za ratni zločin niti mu je isti dokazan.
Postrojbe HOS-a:
Samostalna satnija osiguranja - Zagreb
IX. bojna "Rafael vitez Boban" - Split
13. bojna "Jure vitez Francetić" - Tomislavgrad
Vitezovi - Vitez
1. satnija "Ante Paradžik" - Jasenovac
1. bojna "Ivan vitez Brdar" - Livno
II. bojna "Stojan Vujnović Srbin" - Domaljevac
4. bojna HOS-a 6. bojna "Marijan Baotić" - Vinkovci
MSB "Veterani"
Satnija "Lovac"
Vukovarska postrojba HOS-a - Vukovar
Vojna policija HOS-a - Ljubuški
HOS u Čapljini
HOS u Bijelom polju
HOS u Travniku
Žigosani - Novi Travnik
HOS u Mostaru
HOS u Foči
Čepinska bojna - Čepin
HOS u Goraždu
19. bojna "Vitez Jure Francetić" - Gospić
101. bojna "Do Drine" - Sarajevo
HOS u Sinju
I. pohodna bojna HOS-a - Zenica
HOS u Tuzli
HOS u Konjicu, Jablanici,Rami-Prozoru,Fojnici i Visokom
HOS u Kalesiji
Jučer su u velikom derbiju hrvatskog nogometa, susretu Hajduka i Dinama, počast HOS-ovcima odali i navijači domaćeg kluba, popularna Torcida, a evo kako je sve to izgledalo:
